А что вам конкретно нужно в 1С? Может вам не подходящую программу для вашем компании установили? Мы по поводу доработки 1С обращались в компанию Кодерлайн. У них есть, и их готовые программы, могут и уже имеющуюся доработать. Мы по любым вопросам касающиеся работы в 1С обращаемся к ним. Настройка маркировки в 1С в любом случае понадобятся, т.к. у каждой компании разные потребности.

В любом случае стандартная программа 1С на всех фирмах используется по разному, поэтому сразу при установке лучше настроить так, чтобы персоналу не пришлось осваивать все функции сразу. Это значит поставить всем разный доступ, дабы никто не путался и лишнего не натворил. Касательно сопровождения, понятно что после установки останется еще ряд вопросов, поэтому рекомендую на фирме  https://ibtconsult.ru/service/common/support/ заказать услугу дальнейшей поддержки и сопровождения программы 1С.